North Khorasan University of Medical Sciences

fa شناسایی in silico ساختارهای DNA چهاررشته ای در توالی پروموتری ژن تومور ویلمز In silico screening of G-Quadruplex Structures in Wilms tumor 1 Gene Promoter علوم پایه Basic Sciences مقالات مروری Review Article <div style="text-align: justify;">مقدمه: مطالعات پراش اشعه ایکس آشکار کرد که گوانین‌های موجود در یک رشته ممکن است به شکل چهارتایی آرایش ‌یابند و یک ساختار چهار رشته‌ای بنام مارپیچ چهار رشته‌ای گوانینی تشکیل ‌دهند. مطالعات بیوانفورماتیک، احتمال تشکیل ساختار چهار رشته‌ای گوانینی را در ژن‌های کلیدی انسان از جمله تومور ویلمز 1 (WT1) مطرح نمودند. هدف این مطالعه، بررسی in silico توالی غنی از گوانین در پروموتر ژن WT1 از لحاظ مستعد بودن برای تشکیل ساختار چهار رشته درون‌مولکولی بود. روش کار: برای شناسایی حضور توالی‌های مستعد چهار رشته شدن در ناحیه تنظیمی ژن WT1، ابتدا توالی پروموتری ژن از بانک ژنی NCBI استخراج شد. توالی مورد نظر توسط نرم افزار نقشه یاب آنلاین توالی‌های پلی‌گوانینی مستعد چهاررشته شدن (QGRS Mapper)، از لحاظ حضور نواحی مستعد چهاررشته شدن بررسی شد. یافته ها: با استفاده از داده های حاصل از بررسی با نرم افزار نقشه یاب، بر اساس نمره G، سه توالی‌های مناسب در ناحیه پروموتری ژن WT1، با بیشترین احتمال برای تشکیل ساختار چهار رشته‌ای شناسایی شد. نکته ارزشمند در این بررسی، حضور جایگاه‌های شناسایی تعداد زیادی از فاکتورهای رونویسی در این سه ناحیه‌ بود. نتیجه گیری: اغلب توالی های مستعد چهاررشته شدن در مناطق پروموتری آنکوژن‌ها واقع شده اند. این یافته ها، دانشمندان را به این سو هدایت کرده که این ساختارها ممکن است دارای نقش مهم فیزیولوژیکی در شرایط درون سلول باشند. پس با شناسایی و هدف قرار دادن این توالی ها در نواحی تنطیمی ژن‌ها، می‌توان بیان آن ژن را کنترل نمود</div> <div style="text-align: justify;">Introduction: X-ray diffraction studies have revealed that guanines in a DNA stands may be arranged in quartet and form a structure called G-quadruplexs. Bioinformatics studies suggested the formation of G-quadruplex structure in human crucial genes, including Wilms tumor 1 (WT1). The aim of this study was to in silico analysis of the guanine-rich sequence in the promoter region of the WT1 gene which have potential to form G-quadruplex structures. Methods: To identify the presence of repetitive guanosine-rich sequences prone to form G-quadruplex structures in the regulatory region of the WT1 gene, the promoter sequence was extracted from the NCBI gene bank. The sequence was evaluated by the QGRS mapper software. Results: According to the data obtained from the software, and the G-scores, three appropriate sequences in the promoter region of the WT1 gene were identified with the highest probability for the formation of G-quadruplex structures. A valuable point in this study was the presence of recognition sites of large number of transcription factors in these three areas. Conclusions: The majority of these G-quadruplex forming sequences were located in the promoter regions of the oncogenes. These discoveries have led scientists to point out that these structures may play a significant physiological role under in vivo conditions. Therefore, by identifying and targeting these sequences in the regulatory regions of the genes, it is possible to control the expression of the genes.</div> بررسی in silico, پروموتر,ساختار چهاررشته گوانینی,ژن تومور ویلمز G-quadruplex Structures,in silico Screening,Promoter,WT1 Gene 61 67 http://journal.nkums.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-25-679&slc_lang=fa&sid=1 Saeedeh Ghazaey Zidanloo سعیده قضایی زیدانلو Ghazaeys@kub.ac.ir 0000-0003-4441-6086 Yes PhD, Department of Cell and Molecular Biology, Faculty of Sciences, Kosar University of Bojnord, Bojnorud, Iran دکترای تخصصی، گروه زیست شناسی سلولی و مولکولی، دانشکده علوم پایه، دانشگاه کوثر، بجنورد، ایران Mahsa Jafarzadeh Hesari مهسا جعفرزاده No MSc, Addiction and Behavioral Sciences Research Center, North Khorasan University of Medical Sciences, Bojnurd, Iran کارشناس ارشد اپیدمیولوژی، مرکز تحقیقات اعتیاد و علوم رفتاری، معاونت تحقیقات و فناوری، دانشگاه علوم پزشکی خراسان شمالی، بجنورد، ایران