other ارزیابی بیوانفورماتیکی ارتباط بین ژن LncRNA Linc00162 با تغییرات بیان ژن‌های درگیر در مسیر سیگنالی P‌I3K/AKT/mTOR در بیماران مبتلابه سرطان معده علوم پایه Basic Sciences مقاله پژوهشی Orginal Research <div style="text-align: justify;"><span style="font-size:14px;"><span style="font-family:nasimYW;"><span style="line-height:normal"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><b><span lang="AR-SA">مقدمه:</span></b> <span lang="FA">سرطان معده یکی از شایع‌ترین بدخیمی‌های دستگاه گوارش است که با مرگ‌ومیر قابل‌توجهی همراه است. شواهد اخیر نشان می‌دهد که </span><span dir="LTR">lncRNA</span><span lang="FA">ها، به‌عنوان تنظیم‌کننده‌های مهم بیان ژن، در پیشرفت سرطان نقش کلیدی ایفا می‌کنند. در این مطالعه، نقش </span><span dir="LTR">lncRNA <i>PICSAR</i> (<i>LINC00162</i>)</span><span lang="FA"> در تنظیم بیان ژن‌های مسیر سیگنالینگ </span><span dir="LTR">PI3K/AKT/mTOR</span><span lang="FA"> در سرطان معده بررسی شد.</span></span></span></span><br> <span style="line-height:normal"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><b><span lang="AR-SA">روش کار:</span></b><span lang="AR-SA"> داده‌های بیان ژن از پایگاه </span><span dir="LTR">TCGA</span> <span lang="AR-SA">و مجموعه داده‌های مرتبط با سرطان معده استخراج شد</span><span lang="AR-SA">. ژن‌های با بیان متفاوت (</span><span dir="LTR">DEGs</span><span lang="AR-SA">) با استفاده از </span><span lang="AR-SA">بسته‌های</span><span dir="LTR">DESeq2 </span>&nbsp;<span lang="AR-SA">و </span><span dir="LTR">edgeR</span> <span lang="AR-SA">در محیط نرم‌افزاری </span><span dir="LTR">R</span> <span lang="AR-SA">شناسایی شدند. به‌منظور تعیین ژن‌های مشترک بین </span><span dir="LTR">DEGs</span> <span lang="AR-SA">و ژن‌های هم‌بیان‌شده با </span><span dir="LTR">PICSAR</span><span lang="AR-SA">، تحلیل ون (</span><span dir="LTR">Venn analysis</span><span lang="AR-SA">) صورت گرفت. در ادامه، تحلیل بررسی عملکردی مسیرها با بهره‌گیری از ابزار آنلاین </span><span dir="LTR">Enrichr</span> <span lang="AR-SA">و پایگاه‌ داده </span><span dir="LTR">KEGG</span> <span lang="AR-SA">انجام شد و مسیرهای معنادار براساس 05/0</span><span dir="LTR">P</span><span dir="LTR"><</span> تعدیل‌شده شناسایی شدند<span dir="LTR">.</span><span lang="AR-SA"><span style="font-family:"B Nazanin""></span></span></span></span></span><br> <span style="line-height:normal"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><b><span lang="FA">یافته</span><span dir="LTR">‌</span></b><b><span lang="FA">ها:</span></b><span lang="FA"> ا</span><span lang="AR-SA">ز میان </span><span lang="FA">۴۶۴۰</span> <span lang="AR-SA">ژن با بیان متفاوت و </span><span lang="FA">۹۸۸</span> <span lang="AR-SA">ژن هم‌بیان‌شده با </span><span dir="LTR">PICSAR</span><span lang="AR-SA">، تعداد </span><span lang="FA">۱۶۳</span> <span lang="AR-SA">ژن مشترک شناسایی شدند. تحلیل غنی‌سازی مسیر نشان داد که ژن‌های هم‌پوشان در مسیرهای متعددی، ازجمله سیگنالینگ </span><span dir="LTR">PI3K</span><span dir="LTR">/</span><span dir="LTR">AKT</span><span dir="LTR">/</span><span dir="LTR">mTOR</span><span lang="AR-SA">، تعامل</span> <span dir="LTR">ECM</span><span lang="FA">-</span><span lang="AR-SA">گیرنده و هدایت آکسونی، متمرکز شده‌اند. همچنین، ده ژن کلیدی، شامل </span><i><span dir="LTR">MMP7</span></i><span lang="AR-SA">، </span><i><span dir="LTR">KRT7</span></i><span lang="AR-SA">، </span><i><span dir="LTR">WNT10A</span></i><span lang="AR-SA">،</span><i><span dir="LTR">SEMA7A</span></i> &nbsp;<span lang="AR-SA">و </span><i><span dir="LTR">PMEPA1</span></i><span lang="FA">، </span><span lang="AR-SA">بیشترین هم‌بستگی را با</span><i><span dir="LTR">PICSAR</span></i> &nbsp;<span lang="AR-SA">و بیشترین تغییر بیان را در بیماران مبتلابه سرطان معده نشان دادند</span><span lang="FA">.</span></span></span></span><br> <span style="line-height:normal"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><b><span lang="FA">نتیجه</span><span dir="LTR">‌</span></b><b><span lang="FA">گیری:</span></b> <span lang="AR-SA">نتایج این مطالعه نشان می‌دهد که </span><span dir="LTR">lncRNA</span> <i><span dir="LTR">PICSAR</span></i><i> </i><span lang="FA">با تنظیم ژن‌های کلیدی در مسیر </span><span dir="LTR">PI3K</span><span dir="LTR">/</span><span dir="LTR">AKT</span><span dir="LTR">/</span><span dir="LTR">mTOR</span> <span lang="FA">و دیگر مسیرهای مرتبط با سرطان، نقش مهمی در پیشرفت سرطان معده ایفا می‌کند</span><span lang="AR-SA">. این یافته‌ها بیانگر پتانسیل زیاد</span><i><span dir="LTR">PICSAR</span></i> &nbsp;<span lang="AR-SA">به‌عنوان نشانگر زیستی و هدف درمانی در مدیریت سرطان معده هستند.</span><span lang="FA"><span style="font-family:"B Nazanin""></span></span></span></span></span></span></span><br> &nbsp;</div> <div style="text-align: justify;"><span style="font-size:14px;"><span style="font-family:Arial;"><span style="line-height:107%"><b><span style="line-height:107%">Introduction:</span></b> <span style="line-height:107%">Gastric cancer is one of the most common malignancies of the gastrointestinal tract and is associated with a high mortality rate. Recent evidence suggests that LncRNAs play a key role in regulating gene expression and cancer progression. In this study, the role of LncRNA<i> PICSAR</i> (<i>LINC00162</i>) in modulating the expression of genes involved in the PI3K/AKT/mTOR signaling pathway was investigated in patients with gastric cancer.</span></span><br> <span style="line-height:107%"><span style="line-height:107%">In this study, gene expression data were collected from the TCGA database and gastric cancer-related datasets. Differentially expressed genes (DEGs) were identified using the DESeq2 and edgeR packages in R software</span> <span style="line-height:107%">version 4.2.2. Venn analysis was performed to identify genes shared between DEGs and co-expressed genes identified by <i>PICSAR</i>. Next, functional analysis of the pathways was performed using the online tool Enrichr and the KEGG databases, and significant pathways were identified based on adjP values < 0.05.</span></span><br> <span style="line-height:107%"><b><span style="line-height:107%">Methods</span></b><span style="line-height:107%">: Among 4640 differentially expressed genes and 988 co-expressed genes regulated by <i>PICSAR</i>, 163 common genes were identified. Pathway enrichment analysis revealed that the overlapping genes were enriched in multiple pathways, including PI3K/AKT/mTOR signaling, ECM-receptor interaction, and axon guidance. Also, ten key genes, including MMP7, KRT7, WNT10A, SEMA7A, and PMEPA1, showed the strongest correlation with PICSAR and the greatest expression changes in patients with gastric cancer.</span></span><br> <span style="line-height:107%"><b><span style="line-height:107%">Results:</span></b> <span style="line-height:107%">This study indicates that LncRNA <i>PICSAR</i> may play an important role in the development and progression of gastric cancer by regulating the expression of key genes in the PI3K/AKT/mTOR pathway and other pathways associated with cancer progression.</span></span><br> <span style="line-height:107%"><b><span style="line-height:107%">Conclusions:</span></b> <span style="line-height:107%">These findings indicate the high potential of <i>PICSAR</i> as a biomarker and therapeutic target for managing patients with gastric cancer.</span></span></span></span><br> &nbsp;</div> LncRNA, سرطان معده, Linc00162 ,PI3K/AKT/mTOR Gastric Cancer, Linc00162, LncRNA, PI3K/AKT/mTOR 56 66 http://journal.nkums.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-25-975&slc_lang=other&sid=1 Seyed Ali Hosseini سید علی حسینی 100319475328460031486 100319475328460031486 No Department of Biology, Ahar Branch, Islamic Azad University, Ahar, Iran گروه بیولوژی، واحد اهر، دانشگاه آزاد اسلامی، اهر، ایران Amir Ali Mokhtarzadeh امیرعلی مختارزاده ahad.mokhtarzadeh@gmail.com 100319475328460031487 100319475328460031487 Yes Immunology Research Center, Tabriz University of Medical Sciences, Tabriz, Iran مرکز تحقیقات ایمونولوژی، دانشگاه علوم پزشکی تبریز، تبریز، ایران Saeid Ghorbian سعید قربیان 100319475328460031488 100319475328460031488 No Department of Biology, Tabriz Branch, Islamic Azad University, Tabriz, Iran گروه بیولوژی، واحد تبریز، دانشگاه آزاد اسلامی، تبریز، ایران Changiz Ahmadizadeh چنگیز احمدی زاده 100319475328460031489 100319475328460031489 No Department of Biology, Ahar Branch, Islamic Azad University, Ahar, Iran گروه بیولوژی، واحد اهر، دانشگاه آزاد اسلامی، اهر، ایران